L’organisation de l’association est réglée par les deux instances qui en assurent le fonctionnement. En vertu de ses statuts, les membres du conseil d’administration sont élus lors des assemblées générales ordinaires qui se tiennent généralement à l’occasion des Journées internationales. Il peut comporter jusqu’à 18 membres, qui élisent en leur sein les membres du bureau. Ce bureau assure principalement la gestion des adhésions, des publications, la représentation extérieure de l’AFAM, ainsi que la préparation de la programmation des Journées internationales.